Die Zuchtwertschätzung erfolgt nach der BLUP-Methode, alle Kernzucht- und Vermehrungszuchtbetriebe werden einbezogen. Mit der BLUP-Methode werden die Leistungen um Umwelteffekte (Jahr, Saison, Prüfort) korrigiert und die genetischen Beziehungen zwischen den Merkmalen und zwischen den Tieren berücksichtigt.
Durch die Einbeziehung aller Informationen von verwandten Tieren wird die Genauigkeit der Zuchtwertschätzung gesteigert. Dieses Verfahren nützt somit alle vorhandenen Daten optimal aus. So können neben der Eigenleistung auch die Prüfungsergebnisse von Eltern und Geschwistern und später auch die Nachkommen zusätzliche Informationen über den Wert eines Tieres liefern. Wobei natürlich einem Tier mehr Bedeutung zukommt, je näher es dem Prüftier steht. Andererseits liefert jedes neu geprüfte Tier zusätzliche Informationen über seine Verwandten und erhöht deren Genauigkeit der Zuchtwertschätzung.
Die Zuchtwerte für die Produktionsmerkmale und die Merkmale der linearen Beschreibung werden je in einem Mehrmerkmalstiermodell geschätzt. Dabei fliessen die Leistungen der reinrassigen und F1-Tiere aus der Feldprüfung und die Stationsresultate der reinrassigen Tiere in die Zuchtwertschätzung ein.
Seit dem 1. April 2008 werden in der Zuchtwertschätzung für die Produktionsmerkmale auch die Leistungen von Kreuzungstieren aus der Endprodukteprüfung EPP berücksichtigt. Die Schlachttiere aus der EPP verfügen über Schlachthofdaten in den Merkmalen Tageszuwachs (TZS) und Magerfleischanteil (MFA). Zusätzlich wird an den EPP-Prüftieren in der Prüfstation der Tropfsaftverlust (DL) gemessen. Die zusätzlichen Daten aus der EPP bringen vor allem bei den Vaterlinienrassen neue Informationen, da sie von direkten Nachkommen stammen.
Für die Reproduktionsmerkmale werden die Zuchtwerte in einem Wiederholbarkeitsmodell geschätzt. Es werden alle Leistungen von reinrassigen Herdebuchtieren berücksichtigt.
Die Teilzuchtwerte werden in einem Gesamtzuchtwert nach rassenspezifischen Selektionsschwerpunkten zusammengefasst.
Die Definition der Vergleichsbasis der Zuchtwertschätzung wird wöchentlich neu festgelegt. Die Basis wird von allen Kernzuchtsauen mit mindestens einem Wurf und dem Geburtsdatum im Zeitraum aktuelles Datum minus 4 Jahre bis aktuelles Datum minus 1 Jahr gebildet. In jeder Rasse liegt der Durchschnitt der Naturalzuchtwerte der Basissauen bei 0. Die Teil- und Gesamtzuchtwerte werden derart skaliert, dass die Werte der Basissauen im Schnitt 100 betragen und mit einer Standardabweichung von 20 streuen. Zuchtwerte sind somit als Abweichungen vom Niveau der rassenspezifischen Basis zu interpretieren und nicht direkt über Rassen hinweg vergleichbar.
Je höher die Genauigkeit der Zuchtwertschätzung, desto größer ist die Aussagekraft eines Zuchtwertes, desto sicherer kann die Vererbungsleistung eines Tieres vorausgesagt werden. Je mehr Informationen (Eigenleistung oder Leistungen von Verwandten) für die Schätzung des Zuchtwertes vorhanden sind, desto höher steigt die Genauigkeit des geschätzten Zuchtwertes. Allerdings wird der Anstieg immer geringer, je mehr Informationen bereits vorhanden sind. Bei einer Genauigkeit von 1 wäre der Zuchtwert absolut sicher.
Hat das Tier selbst keine Eigenleistungsprüfung absolviert, so kann sein Zuchtwert nur über verwandte Tiere ermittelt werden. Allerdings ist dann die Genauigkeit der Zuchtwertschätzung zunächst deutlich geringer. Daher ist die Eigenleistungsprüfung sehr wichtig, um möglichst früh eine verlässliche Aussage über den züchterischen Wert eines Tieres zu haben.

Abb. 1: Zuchtwertschätzung für die Gesamtzuchtwerte
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