Der SGD arbeitet mit verschiedenen Partnern zusammen, um seine Ziele zu erreichen. Ein intensiver Kontakt besteht mit dem Bundesamt für Veterinärwesen sowie mit den kantonalen Veterinärämtern, welche das SGD-Programm im Rahmen eines Leistungsauftrages finanziell unterstützen. Die Bearbeitung von Forschungsaktivitäten erfolgt in enger Zusammenarbeit mit den Vetsuisse-Fakultäten der Universitäten Bern und Zürich.